Proveniente de una rica familia de cortadores de diamantes, Hoefnagel viajó por Gran Bretaña, Francia y España. Durante estos viajes realizó numerosos dibujos cartográficos que utilizará posteriormente para confeccionar un atlas en seis volúmenes. Trabajó en la corte del emperador alemán Rodolfo II.
Entre otras obras ilustradas por Hoefnagel se pueden destacar Civitates Orbis Terrarum (Las ciudades del mundo) (1572) de Georg Braun (1541-1622), canónigo de la catedral de Colonia. Este es el primer atlas dedicado a las ciudades del mundo e incluye 363 planos que describen 480 ciudades.